Suite à un incident survenu à l'université où il travaillait, Marcelo ( Wagner Moura ) retourne dans sa ville natale, Recife. Sachant qu'il est toujours surveillé, il se cache et prend une fausse identité. Cependant, sa ville natale est loin de lui offrir la tranquillité qu'il recherche, car la découverte d'une jambe humaine dans la gueule d'un requin soulève de graves questions. Alors que la presse locale flaire l'affaire sensationnelle, le commissaire corrompu, Euclides ( Robério Diógenes ), se sent obligé de la résoudre rapidement. Marcelo n'en sait rien. Sous une fausse identité, il commence à travailler au commissariat, où son nouveau supérieur se distingue surtout par son arrogance. Parallèlement, il soupçonne que ses adversaires sont à ses trousses et ont même engagé des tueurs à gages pour l'éliminer. Marcelo doit désormais choisir : continuer à résister ou tenter de fuir avec son fils et de recommencer sa vie à zéro.

Bien que des films comme Aquarius et Bacurau fassent largement référence à des thèmes politiques, le réalisateur brésilien Kleber Mendonça Filho explique qu'il n'avait jusqu'à présent jamais réalisé de film véritablement « politique ». Ce n'est qu'avec son nouveau film, L'Agent secret, qu'il est parvenu à créer une telle œuvre. L'histoire, qui, comme Aquarius , se déroule dans sa ville natale de Recife, se situe sous la dictature militaire, mais les « mécanismes de pouvoir » par lesquels le régime surveillait ses citoyens sont toujours bien présents – seule la technologie a évolué, rendant la surveillance plus subtile et plus difficile à détecter. Cependant, le film ne se limite pas aux formes politiques et sociales de la surveillance ; à travers le personnage principal interprété par Wagner Moura ( Narcos ), il révèle également la dimension psychologique d'un monde où la liberté et l'identité sont strictement contrôlées. Alors que dans d'autres thrillers, la surveillance devient évidente à un moment donné, elle reste nébuleuse dans L'Agent secret . Filho adopte une approche moins descriptive, nous montrant plutôt un monde où le contrôle et la violence qui l'accompagne sont devenus monnaie courante. Les institutions – censées protéger les citoyens – ne sont plus que de simples instruments au service du pouvoir et, de surcroît, profondément corrompues. Filho expose ces aspects au spectateur dès une scène d'ouverture saisissante : le protagoniste arrive à une station-service devant laquelle gît le corps en décomposition d'un homme qui a tenté de voler le pompiste. Ce dernier, un homme corpulent, explique avoir déjà appelé la police, mais que, à cause du Carnaval, les agents sont débordés. À leur arrivée, les policiers s'intéressent davantage au contrôle du « nouveau venu » et ignorent complètement le cadavre.

Comme dans ses films précédents, Filho observe attentivement, prend son temps, et révèle ainsi les mécanismes, à la fois subtils et manifestes, de la corruption et de la surveillance. L'appareil d'État, en uniforme, dévoile avec conviction son vrai visage – sans pour autant avoir besoin de maintenir constamment cette façade. La peur est déjà si omniprésente que même les moindres transgressions suffisent à contraindre les citoyens à obéir aux puissants. Dans L'Agent secret , les figures influentes sont le commissaire de police Euclides et l'industriel Ghirotti ( Luciano Chirolli ). Dans l'univers dépeint par Filho, ils incarnent, d'une part, un système corrompu obsédé par le maintien du pouvoir et, d'autre part, une soif de profit pure et simple. Les puissants s'approprient les projets de recherche de l'université, et toute forme de protestation ou atteinte à leur ego est brutalement réprimée – une réalité que le protagoniste vit à ses dépens. La rébellion ouverte n'est possible qu'indirectement, ce que le film de Filho illustre par l'étrange histoire de la jambe poilue. Inspirée d'un fait vécu par le réalisateur, cette jambe devient non seulement un phénomène médiatique, mais aussi le bouc émissaire de toutes les violences, dont les véritables auteurs ne peuvent être nommés par crainte de représailles. Cependant, le réalisateur s'intéresse aussi à ceux qui survivent dans ce monde. Dans le rôle principal de Marcelo, Wagner Moura souligne comment le manque de liberté ronge un individu. Ce n'est pas seulement la surveillance qui transforme le protagoniste : la question de sa propre identité devient de plus en plus pressante. Il veut s'échapper, mais la fuite est désormais impossible, car des tueurs sont à ses trousses. Lors d'une conversation avec des représentants de la résistance, une scène marquante parmi tant d'autres se déroule : Marcelo lui-même admet avoir changé et confie que, lui aussi, n'est plus opposé à la violence si elle peut lui être utile.